Las unidades se pueden configurar con varios sistemas de archivos y cada uno tiene sus ventajas y desventajas. A continuación, se presenta una lista que incluye algunas de estas ventajas y desventajas.
| Sistemas de archivos | |||||
| NTFS | Sistema de archivos de Apple (APFS) | MacOS Extended Journaled (registro por diarios) (HFS+) | exFAT | FAT32 (MS-DOS) | |
| Ventaja(s): | Nativo para Windows | Nativo para macOS | Nativo para macOS | Se puede utilizar entre Mac y Windows | Se puede utilizar entre Mac y Windows |
| Compatible con el registro diario | Lleva registro de los permisos | Compatible con el registro diario | Ya no se limita a los archivos de 4 GB o menos | ||
| Lleva registro de los permisos | Sistema de archivos predeterminado para Time Machine para macOS 11 Big Sur o versiones posteriores. | Lleva registro de los permisos | |||
| Compatible con las versiones anteriores de macOS 10.6 hasta las actuales. | |||||
| Sistema de archivos predeterminado para Time Machine para macOS 10.15 Catalina y versiones anteriores. | |||||
| Desventaja(s): | Escritura protegida en sistemas operativos Mac (se puede superar con el controlador NTFS) | No se instalará en una computadora con Windows | No se instalará en una computadora con Windows (se puede superar con el controlador HFS+) | No detecta correctamente los desvíos de recursos y datos (posible riesgo cuando se usa entre Mac y Windows) | Límite de tamaño de 4 GB para archivos únicos. |
| No funciona con Time Machine | No es compatible con las versiones anteriores de macOS. El APFS no es compatible con macOS 10.12 o versiones anteriores. | Cuando se utiliza con Time Machine, la unidad queda protegida contra escritura (de solo lectura). Se puede encontrar más información en este artículo. | No funciona con File History (Historial de archivos) ni con Time Machine | No detecta correctamente los desvíos de recursos y datos (posible riesgo cuando se usa entre Mac y Windows) | |
| Cuando se utiliza con Time Machine, la unidad queda apta solo para lectura. | Requiere de un controlador para Windows XP | No funciona con File History (Historial de archivos) ni con Time Machine | |||
| No lleva un registro de los permisos de archivos | No lleva un registro de los permisos de archivos | ||||
