硬碟機可設定成搭配不同的檔案系統，而每種檔案系統都有各自的優缺點。以下清單列出一些優缺點供您參考。
| 檔案系統 | |||||
| NTFS | Apple 檔案系統 - APFS) | MacOS Extended Journaled (HFS+) | exFAT | FAT32 (MS-DOS) | |
| 優點： | Windows 原生系統 | macOS 原生系統 | macOS 原生系統 | 可在 Mac 和 Windows 之間使用 | 可在 Mac 和 Windows 之間使用 |
| 支援日誌記錄 | 可持續追蹤權限 | 支援日誌記錄 | 檔案不再侷限於 4GB 以下 | ||
| 可持續追蹤權限 | 適用於 macOS 11 Big Sur 及更高版本的 Time Machine 預設檔案系統。 | 可持續追蹤權限 | |||
| 支援舊版本 (macOS 10.6) 到目前的 macOS 版本。 | |||||
| 適用於 macOS 10.15 Catalina 及更早版本的 Time Machine 預設檔案系統。 | |||||
| 缺點： | 在 Mac 作業系統上有防寫保護 (可透過 NTFS 驅動程式解決) | 無法安裝於 Windows 電腦上 | 無法裝載於 Windows 電腦 (可透過 HFS+ 驅動程式解決) | 無法正確看清資源與資料分支 (在 Mac 與 Windows 之間往來可能會有風險) | 單一檔案有 4GB 大小限制 |
| 無法搭配 Time Machine 一起運作 | 不支援舊版本的 macOS。macOS 10.12 或更早版本不支援 APFS。 | 在與 Time Machine 一起使用時，磁碟機將變為寫入保護 (唯讀)。您可以在本篇文章中獲得更多資訊。 | 無法搭配「檔案歷程記錄」或 Time Machine 一起運作 | 無法正確看清資源與資料分支 (在 Mac 與 Windows 之間往來可能會有風險) | |
| 與 Time Machine 一起使用時，磁碟機將變為唯讀。 | 需要 Windows XP 的驅動程式 | 無法搭配「檔案歷程記錄」或 Time Machine 一起運作 | |||
| 無法記錄檔案權限 | 無法記錄檔案權限 | ||||
