檔案加密可防止他人在未經許可下，存取您的資料。加密是使用您設定的密碼來修改檔案，所以如果不用該密碼將該檔案解密，就無法開啟該檔案。您毋需開啟 FreeAgent™ 軟體，即可直接在桌面上或檔案總管視窗上將檔案加密。加密功能在實體上並不是 FreeAgent 應用程式的一部分。但是，您只要使用滑鼠右鍵的下拉功能表，即可執行此功能。
備註： 您只能在檔案層級上進行加密。您不能將資料夾加密，也不能同時將多個檔案加密。但您可以將多個檔案和資料夾壓縮成一個壓縮檔，再將此壓縮檔加密。
檔案加密時，原始檔案的位置上會產生一個新的檔案版本，這個新版本必須經過解密後才能讀取。您最終必須刪除未加密的原始版本，才算是完成加密程序。
檔案解密時，加密檔案的位置上會產生一個解密後的檔案版本。您可以開啟並編輯這個版本，再將它加密。
備註： 您不能在 Ceedo 的資料夾（例如，Ceedo 中的 My Documents（我的文件））中為檔案進行加密或解密。
FreeAgent 磁碟機 Flash 視訊 - FreeAgent Go Tools - Seagate加密軟體限制
以下連結是一個 Flash 視訊，其中介紹 FreeAgent Go Tools 隨附的 Seagate Encryption 軟體的限制。
